El origen de esta raza ha de sido objeto de grandes disputas entre los cinófilos franceses y belgas que reivindicaban la exclusiva de su paternidad.

Con un dictamen que puede parecer salomónico pero que resulta en sustancia justo, la Federación Cinológica Internacional lo ha definido como originario de Flandes, región que como es sabido comprende parte del territorio francés y parte del territorio belga.

Según los estudiosos, parece que en la formación de este perro han contribuido diversas razas como el Pastor picardés, el Pastor de la Beauce y los Grifones. A su vez, el Boyero de Flandes, entrará después en el árbol genealógico de los Schnauzer.